Prema odredbi članka 6. Zakona o Fondu tijela Fonda su Upravni odbor i direktor.
Upravni odbor upravlja Fondom u skladu s odredbama Zakona o Fondu („Narodne novine“ br. 107/07 i 21/22), Statuta Fonda, drugih općih akata Fonda i drugih zakona i propisa, te nadzire rad direktora. Upravni odbor ima sedam članova, od kojih je jedan predsjednik. Predsjednika i članove Upravnog odbora imenuje i razrješuje Vlada Republike Hrvatske na razdoblje od četiri godine. Upravni odbor donosi Statut Fonda uz suglasnost Vlade Republike Hrvatske, poslovnik o radu Upravnog odbora, pravilnik o unutarnjem ustrojstvu i druge akte, program rada i financijski plan za svaku poslovnu godinu, određuje investicijsku politiku, te odlučuje o načinu upravljanja sredstvima.
Upravni odbor je donio Statut Fonda 9. travnja 2008., a Vlada Republike Hrvatske je 2. svibnja 2008. donijela odluku o davanju suglasnosti na Statut. Izmjene i dopune Statuta Fonda je odobrila Vlada Republike Hrvatske u svibnju 2023. godine.
Voditelj poslovanja Fonda je direktor, koji zastupa i predstavlja Fond. Direktora Fonda imenuje Upravni odbor na temelju javnog natječaja na razdoblje od četiri godine. Direktor je odgovoran za zakonitost rada i poslovanje Fonda, predlaže Upravnom odboru program rada i financijski plan, izvršava odluke Upravnog odbora, te predlaže opće akte. Također, tromjesečno izvještava Upravni odbor o financijskom poslovanju, zaključuje i raskida ugovore o radu, te obavlja druge poslove.
U Fondu su ustrojene sljedeće ustrojstvene jedinice: Ured direktora, Sektor za upravljanje financijskom imovinom i za poslovnu podršku, te Sektor za poslove koordinacije pripreme i izrade Programa razgradnje i odlaganja radioaktivnog otpada i istrošenoga nuklearnog goriva Nuklearne elektrane Krško.
ORGANIZACIJSKA SHEMA
Upravni odbor:
- Vedran Špehar, predsjednik, Ministarstvo gospodarstva i održivog razvoja
- dr. sc. Vjekoslav Jukić, zamjenik predsjednika, Ministarstvo gospodarstva i održivog razvoja
- dr. sc. Damir Trut, Ministarstvo unutarnjih poslova
- Hana Zoričić, Ministarstvo financija
- dr. sc. Dora Naletina, neovisni stručnjak
- mr. sc. Matjaž Prah, Hrvatska elektroprivreda d.d.
- Anamarija Matak, neovisni stručnjak
Direktor:
- mr. sc. Josip Lebegner, dipl. ing.